AL Azhar kini menerapkan model kuliah yang diklasifikasikan dalam dua kelompok, yaitu Fakultas Ilmi (sains) dan Adaby (agama).
Untuk fakultas-fakultas Adaby (agama), jenjang studi yang dibuka meliputi program under graduate (kulliyah atau S-1) dan post graduate (dirasah ulya atau S-2 dan S-3). Masa pendidikan resmi program under graduate (S-1) selama empat tahun (kecuali Fakultas Syariah Jurusan Qanun/hukum positif yang menempuh masa studi lima tahun), sedangkan program magister (S-2) hanya menjalani masa studi dua tahun, dilanjutkan masa penulisan tesis secara terpisah.
Proses penerimaan mahasiswa program S-2 di Al Azhar dilakukan melalui tes hafalan Al Quran sebanyak delapan juz. Untuk program S-3 (doktor), selain mengajukan disertasi, juga melalui tes hafalan Al Quran sebanyak 12 juz.
Pada tahapan program under graduate (S-1), sistem pendidikan yang diterapkan memang agak ketat. Untuk bisa melanjutkan ke tingkat studi berikutnya, mahasiswa harus menyelesaikan seluruh mata kuliah pada setiap tingkat, dan hanya diperbolehkan memiliki maksimal dua sisa mata kuliah pada tingkat sebelumnya. Bagi yang memiliki sisa mata kuliah lebih dari dua, terpaksa mengulang setahun lagi pada tingkat yang sama, khusus untuk menyelesaikan mata kuliah yang tertinggal itu. Ketentuan tersebut hanya berlaku untuk tingkat I hingga III. Kesempatan mengulang itu hanya diberikan dua kali (dua tahun), untuk tingkat I hingga III tersebut. Jika pada tahun ketiga belum lulus juga, maka mahasiswa dinyatakan keluar.
Khusus tingkat IV atau terakhir, mahasiswa yang tertinggal dua mata kuliah masih diberi kesempatan mengikuti ujian gelombang kedua. Bila pada ujian gelombang kedua itu belum juga lulus, maka diharuskan mengulang setahun lagi atas dua atau satu mata kuliah yang tersisa tersebut. Mahasiswa tingkat IV diberikan kesempatan mengulang studi (bagi mahasiswa yang masih punya materi yang tertinggal) hingga empat kali atau empat tahun.
Model perkuliahan di Al Azhar mirip semi-kredit. Pelaksanaan ujiannya (saat ini) dibagi dalam dua term. Pada setiap term diujikan setengah dari total mata kuliah. Jika dalam setahun ada 14 materi kuliah, maka pada term pertama diujikan tujuh materi, sisanya diujikan pada term kedua. Sistem tersebut mulai diterapkan pada tahun akademik 1996/1997, dan hanya berlaku untuk mahasiswa program S-1.
Cara belajar di Universitas Al Azhar, khususnya fakultas keislaman, tidak banyak berubah dari dulu hingga sekarang. Mahasiswa datang, duduk, dan mendengar penjelasan dosen. Kalau ada yang tidak jelas, diberi waktu bagi para mahasiswa untuk bertanya langsung pada dosen. Memang telah diformat dalam bentuk presentasi (muhadlarah) sedemikian rupa agar mahasiswa lebih banyak memanfaatkan waktu untuk mengumpulkan informasi.
Di samping muhadlarah, para dosen telah menyusun buku pegangan mahasiswa untuk setiap mata kuliah yang akan menjadi sumber bahan ujian. Buku pegangan itu biasanya disusun sendiri oleh dosen atau panitia yang ditunjuk fakultas, dengan mengambil rujukan berbagai kitab klasik dan buku-buku modern.
Bagi mahasiswa ada kelonggaran tidak wajib hadir 100 persen dalam seluruh muhadlarah, tetapi bagi fakultas tertentu kadang ditetapkan peraturan tak boleh mengikuti ujian bagi yang tidak hadir minimal 75 persen dari jam kuliah. Bahan muhadlarah merupakan penjelasan dari buku pegangan itu, serta ditambah dengan keterangan yang berkaitan dengan materi tersebut.
Belajar di Al Azhar sangat menekankan aspek hafalan. Jika jawaban ujian melenceng jauh dari buku pegangan, maka nilainya akan berkurang. Namun, ada mata kuliah tertentu yang menuntut ketajaman analisa dan kepiawaian mengekspresikan bahasa Arab.
Universitas Al Azhar memberi dispensasi "bebas biaya pendidikan" alias gratis untuk mahasiswa fakultas keislaman. Mahasiswa tersebut hanya perlu beli buku/diktat kuliah yang diterbitkan Al Azhar dan sedikit biaya administrasi pembuatan kartu mahasiswa.
